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Como escritor tanto en Fundamentos como en El Ideal Andaluz va diseñando su ideario político, es decir, su concepción de una Andalucía libre,la autodeterminación andaluza y el federalismo ibérico.Tras las elecciones de 1936, con la victoria del Frente Popular, el movimiento político andalucista recobró fuerzas. Durante la Asamblea de Sevilla el 5 de julio se aclamó a Blas Infante como presidente de honor de la futura Junta Regional de Andalucía. A los pocos días, se produjo el golpe militar que inició la Guerra Civil Española. Varios miembros de la Falange le detuvieron en su casa de Coria del Río y fue fusilado, sin juicio ni sentencia, junto a otros dos detenidos el 11 de agosto, en el kilómetro 4 de la carretera de Sevilla a Carmona. Cuatro años más tarde el Tribunal de Responsabilidades Políticas, creado después de la guerra, le condenó a muerte y a sus herederos a una multa económica, según documento de 4 de mayo de 1940 escrito en Sevilla.