Durante los años de Manel Prat al frente de los Mossos d'Escuadra han sido varios los casos polémicos que han puesto entre la espada y la pared al director de los agentes de la ley en Catalunya.

El más sonoro, y que quizá ha motivado finalmente su salida, ha sido el caso de Ester Quintana, mujer que perdió un ojo por el impacto de una bala de goma disparado por un antidisturbio en la huelga general del 14-N en Barcelona en 2012. 

A raíz de este suceso, el uso de pelotas de goma han quedado prohibidas su uso en Catalunya a la brigada antidisturbios desde el pasado 29 de abril. Los Mossos elaboraron un informe a instancias del juez de Barcelona que mantiene imputados a 11 antidisturbios ─inicialmente imputó a 22─ por las lesiones que sufrió un joven que perdió el bazo durante la huelga general del 29-M de 2012 al recibir, según su versión, el impacto de una pelota de goma.

Otro juez de Barcelona también ha imputado a 14 antidisturbios por las lesiones de un joven que perdió un ojo supuestamente por un pelotazo en la manifestación de la esa misma huelga general.

Las críticas a las actuaciones de los Mossos no han de remontarse al 2012. Ayer mismo cargaron tras el desalojo del centro 'okupado' Can Vies de Barcelona.  Doce jóvenes fueron sacados por la fuerza del interior de la casa, donde seis de ellos se habían atrincherado o encadenado.

Otra polémica reciente sucedió en paralelo a la de ayer cuando el medio de comunicación la Directa denunció que los Mossos atacaron su sede rompiendo a porrazos la luna del localtras la manifestación contra el derribo y desalojo de Can Vies.

'Los agentes han golpeado a algunos viandantes y se han dirigido hasta la puerta de la redacción y hasta la puerta de la librería La Ciutat Invisible', explicó el medio catalán. 'Ante la clara intención de los policías de entrar en el local, se ha accionado el motor de la persiana para bajarla, pero los agentes han forzado la persiana para impedirlo. Uno de los antidisturbios ha roto la luna a golpes de porra y los cristales han impactado en la cara de un colaborador que estaba dentro del local'. 

A finales del año 2013 se puso la lupa sobre la comisaría de Mossos d'Esquadra de la Ciutat Vella de Barcelona la cual ha sido relacionada con varios casos de abusos policiales . El periodista Bertran Cazorla se ha dedicado a documentar la violencia de los Mossos hasta que fue detenido por los agentes de Ciutat Vella. Cazorla denunció malos tratos durante el tiempo que permaneció en los calabozos.

Las actuaciones desproporcionadas de los Mossos han causado dos de las polémicas más grandes para Manel Prat. La más conocida fue la muerte del empresario Juan Andrés Benítez. Este vecino del Raval barcelonés supuestamente murió a causa de la paliza que le propinaron ocho mossos la madrugada del 6 de octubre de 2013, los cuales también pertenecían a la comisaría de Ciutat Vella.

Según los relatos de los distintos testigos recogidos por los medios de comunicación, tuvo varias discusiones por la calle, en el Raval, cerca de su casa, mientras trataba de encontrar a su perro. La última acabó en trifulca. Finalmente, llegaron los Mossos d'Esquadra y le redujeron violentamente, como demuestran los vídeos.  

Otra tragedia similar que salpicó a Manel Prat fue la muerte de un hombre que murió tras ser reducido por siete Mossosd'Esquadra. Al parecer el fallecido estaba molestando en una panadería situada en la Plaza de la Molina en Barcelona. Cuando llegó la policía, éste se exaltó aún más y mostró una actitud hostil con los agentes. Le redujeron entre siete Mossos. Una vez esposado, el detenido se desvaneció y trasladado a un hospital, donde murió.