El español Dani Pedrosa (Honda RC 212 V) no se pudo acercar a su registro de los primeros entrenamientos libres del Gran Premio de la República Checa de MotoGP que se realizaron en Brno, pero se mantuvo al frente de la tabla de tiempos con cierta ventaja sobre sus más inmediatos perseguidores.

Como ya sucediese por la mañana, Pedrosa tuvo como principal rival al australiano Casey Stoner (Honda RC 212 V), líder de la clasificación provisional del mundial, quien logró arañar algunas décimas a su mejor tiempo y si bien por la mañana estaba a casi un segundo del español, por la tarde consiguió quedarse a algo menos de cuatro décimas de segundo de su rival, quien en todo momento se ha mostrado tremendamente rápido.

El orden final del primer día de entrenamientos acabó siendo el mismo que el de la mañana y a la clasificación de Pedrosa y Stoner siguió la de Simoncelli, quien como Stoner pudo bajar algunas décimas su mejor registro

Salvo Pedrosa, todos sus rivales lograron ser más rápidos por la tarde si bien esas décimas de segundo no alteraron en lo más mínimo la clasificación provisional, salvo por cuanto se refiere el italiano Valentino Rossi (Ducati Desmosedici GP 11.1), quien pasó de la undécima plaza matinal hasta una más acorde a sus condiciones séptima plaza a escasamente una décima de segundo del estadounidense Ben Spies (Yamaha YZR M 1).

Justo tras Rossi acabó el español Álvaro Bautista, que esta vez si pudo doblegar a su nuevo compañero de escudería, el anglo estadounidense John Hopkins para acabar octavo, en tanto que el líder del campeonato británico de Superbike fue décimo.

En el capítulo de percances, al sufrido en la tanda de la mañana por Marco Simoncelli se unió otro por la tarde, casi en idénticas circunstancias -en su última vuelta, el del francés Randy de Puniet (Ducati Desmosedici), si bien tanto el italiano como éste se marcharon hacia el taller del equipo por su propio pie.

Héctor Barberá (Ducati Desmosedici), quien por la mañana había sido decimotercero, ganó dos posiciones al doblegar al francés Randy de Puniet y el estadounidense Colin Edwards (Yamaha YZR M 1), con Toni Elías (Honda RC 212 V) cerrando una vez más la tabla de tiempos de MotoGP.

Clasificación oficial tras la segunda jornada de entrenamientos libres de MotoGP:

.1. Dani Pedrosa (ESP/Honda RC 212 V) 1:56.454 a 167,206 km/h.

.2. Casey Stoner (AUS/Honda RC 212 V) 1:56.831

.3. Marco Simoncelli (ITA/Honda RC 212 V) 1:57.136

.4. Jorge Lorenzo (ESP/Yamaha YZR M 1) 1:57.174

.5. Andrea Dovizioso (ITA/Honda RC 212 V) 1:57.535

.6. Ben Spies (USA/Yamaha YZR M 1) 1:57.631

.7. Valentino Rossi (ITA/Ducati Desmosedici) 1:57.745

.8. Álvaro Bautista (ESP/Suzuki GSV RR) 1:57.857

.9. Cal Crutchlow (GBR/Yamaha YZR M 1) 1:57.859

10. John Hopkins (USA/Suzuki GSV RR) 1:57.880

11. Héctor Barberá (ESP/Ducati Desmosedici) 1:58.120

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18. Toni Elías (ESP/Honda RC 212 V) 1:59.157.