- 27 de mayo de 2009.- El Tribunal Supremo (TS) admite a trámite la querella por prevaricación que el sindicato ultraderechista Manos Limpias presenta contra Garzón por considerar que éste se declaró competente para investigar las desapariciones durante la Guerra Civil y el franquismo sabiendo que no lo era.

- 24 de junio de 2009.- El Supremo admite otra querella por prevaricación contra el juez de la Audiencia Nacional por su actuación en el caso de las desapariciones durante la Guerra Civil y el franquismo de la asociación Libertad e Identidad y la acumula a la interpuesta por Manos Limpias.

- 8 de septiembre de 2009.- El magistrado instructor de la causa contra Garzón, Luciano Varela, cita a Garzón para que declare en calidad de imputado.

- 9 de septiembre de 2009 .- Garzón declara como imputado en el TS, donde es arropado por familiares de desaparecidos.

- 15 de septiembre de 2009.- Garzón presenta en el Supremo una resolución judicial en la que se le considera competente para investigar las desapariciones durante la Guerra Civil y el franquiso.

- 1 de octubre de 2009.- El abogado de Garzón, Gonzalo Martínez-Fresneda, solicita al Supremo el archivo de la querella de Manos Limpias y la asociación Libertad e Identidad.

- 16 de octubre de 2009.- El Alto Tribunal pide las normas de reparto de la Audiencia Nacional para comprobar en qué circunstacias asumió el juez la competencia para investigar las desapariciones durante la Guerra Civil y el franquismo.

- 22 de diciembre de 2009.- Garzón pide al Supremo el archivo de la causa y se queja del retraso 'injustificado' en la instrucción.

- 13 de enero de 2010.- El Tribunal Supremo admite a trámite una querella de Falange Española de las JONS contra Garzón por los mismos hechos.

- 4 de febrero de 2010.- El magistrado Luciano Varela rechaza la petición de archivo de la causa en un auto en el que le acusa abiertamente de prevaricación.

- 10 de febrero de 2010.- Garzón recurre el auto de Varela y le pide que cite a declarar, entre otros, a la ex fiscal del Tribunal Penal Internacional Carla del Ponte, al juez chileno Juan Guzmán -que en 1999 procesó a Augusto Pinochet- y al magistrado argentino Eugenio Raúl Zaffaroni.

- 25 de marzo de 2010.- La Sala de lo Penal del Supremo rechaza el recurso de Garzón en un auto en el que dice que 'ni hay certeza sobre la inexistencia del delito, ni es arbitraria, ilógica o absurda una posible calificación acusatoria por prevaricación', por lo que la causa debe seguir adelante.

- 7 de abril de 2010.- Varela transforma las diligencias previas en procedimiento abreviado y declara que 'ha lugar a proceder' contra Garzón por prevaricación, lo que anticipa la apertura de juicio oral al magistrado.