José Barrionuevo fue ministro de Interior durante el primer Gobierno socialista de la democracia, presidido por Felipe González. En  1998, Barrionuevo fue condenado a 10 años de cárcel por el Tribunal Supremo por delitos de secuestro y malversación de caudales públicos. Tal y como se probó en el proceso judicial, durante su mandato y vía fondos reservados, se crearon los Grupos Antiterroristas de Liberación, [los GAL], un grupo terrorista creado para atentar contra miembros de ETA y dirigentes de la izquierda abertzale.

Los GAL estuvieron activos desde 1983 a 1987 y fueron responsables de más de 30 acciones terroristas y de 27 asesinatos. Actuaron principalmente en el País Vasco francés y entre sus métodos habituales estaban secuestros, torturas, coches bomba, tiros en la nuca y tiroteos indiscriminados en los lugares donde supuestamente se encontraban los etarras. Sus atentados se dirigían contra militantes de ETA y la izquierda abertzale, pero varias de sus víctimas no tenían ninguna relación con ETA. Una de ellas fue Segundo Marey, un ciudadano español residente en Francia secuestrado por los GAL tras ser confundido con el dirigente de ETA Mikel Lujua.

En el momento del secuestro, tanto Marey como su esposa fueron golpeados y rociados con gases lacrimógenos. Metieron a Marey en un automóvil y lo llevaron desde Francia a Navarra, donde le esperaban unos policías a las órdenes del subcomisario de la policía nacional José Amedo. De allí le trasladaron a una cabaña en Cantabria donde permaneció encerrado  y encapuchado durante 9 días. En una entrevista con El País, Barrionuevo reconoció su responsabilidad en el secuestro de Marey. Además, reconoció también la ilegalidad del secuestro y protegió a sus responsables.

El secuestro de Marey se enmarca en una serie de operaciones ilegales realizadas por los GAL en territorio francés para acabar con ETA y sus redes de apoyo. El mismo Barrionuevo reconoce que sí, era una guerra, pero además era una guerra sucia.

Documentos desclasificados por la CIA señalaron directamente a Felipe González por la creación de los GAL. Este informe establece que el Gobierno español, cito textualmente, "parece determinado a adoptar una estrategia poco ortodoxa en relación con ETA". "González ha acordado la formación de un grupo de mercenarios, controlado por el Ejército, para combatir fuera de la ley a los terroristas", dice el informe. Después de otra parte censurada, añade que "los mercenarios no serían necesariamente españoles y tendrían como misión asesinar a los líderes de ETA en España y Francia". 

En una larga entrevista que concedió en 2010 a Juan José Millás para el diario El País, Felipe González reconoció que, como presidente del Gobierno, tuvo la oportunidad de volar a la cúpula de ETA al completo. 

Barrionuevo fue condenado a 10 años de prisión por su responsabilidad en la organización de los GAL, pero no duró mucho en la cárcel. Apenas tres meses después le llegó el indulto parcial [nada más y nada menos que] de manos del gobierno del PP, presidido por José María Aznar. Esta medida había sido sugerida por el Tribunal Supremo, donde Barrionuevo y Vera contaban con algunos aliados, entre ellos su propio presidente, José Jiménez Villarejo, padre de la que sería ministra con Zapatero, Trinidad Jiménez, que no veía motivos para su condena.

Mariano Rajoy, por aquel entonces ministro de Interior se puso en contacto con Barrionuevo y le dijo esto: "Ten confianza en mi que lo vamos a
arreglar". A pesar de que los tribunales habían condenado a una docena de políticos, policías y guardias civiles por su responsabilidad en la organización de los GAL, los indultos y las excarcelaciones libraron a muchos de ellos de cumplir íntegramente sus condenas. Además de Barrionuevo, el exsecretario de Estado Rafael Vera; el exdirector general de Seguridad del Estado, Julián Sancristóbal; y los comisarios Francisco Álvarez y Miguel Planchuelo fueron también indultados por el Gobierno de José María Aznar. 

Y además de los indultos concedidos a responsables de los GAL también hubo excarcelaciones, por supuestos motivos de salud. En concreto la del general Enrique Rodríguez Galindo o la del ex gobernador civil Julen Elgorriaga, condenados por los asesinatos de Lasa y Zabala. Pero no acaban aquí las maniobras de los Gobiernos de distinto signo para blindar a los GAL.

El pasado mes de agosto el Consejo de Ministros aprobó un anteproyecto de ley para sustituir a la franquista Ley de secretos oficiales vigente actualmente. A día de hoy, esta ley impide desclasificar documentos oficiales, independientemente del tiempo transcurrido. El anteproyecto de ley acaba con este bloqueo, pero fija un tope: 50 años. Es decir, que todas las informaciones relativas a los GAL tendrán que esperar otros 20 años más para que puedan hacerse públicas.​