Las dietas en las que el nivel de proteína representaba el 45% de los nutrientes ingeridos, como la creada por Pierre Dukan, aumentan el riesgo de desarrollar enfermedades renales a largo plazo y empeoran los marcadores urinarios y morfológicos del riñón.

Entre las patologías que pueden provocar destaca la nefrolitiasis (cálculos renales o piedras en el riñón), debido a una disminución drástica del citrato urinario (un inhibidor de la cristalización de sales de calcio), un aumento del calcio urinario (para compensar la acidez metabólica que provoca el exceso de proteína) y a un descenso del pH de la orina.

 Así lo han demostrado científicos de la Universidad de Granada (UGR), quienes a través de un experimento llevado a cabo en ratas examinaron los efectos de una dieta hiperproteica sobre parámetros renales plasmáticos, urinarios y morfológicos. Los científicos realizaron este experimento con los roedores durante 12 semanas, lo que equivaldría a años en humanos.

Pueden provocar nefrolitiasis, es decir los cálculos renales o piedras en el riñón Los resultados demostraron que las ratas que siguieron una dieta hiperproteica perdieron hasta un 10% de peso corporal en este tiempo, pero sin que se produjera una mejora paralela en el perfil de lípidos en plasma. Además, el citrato urinario de estos roedores fue un 88% inferior, el pH urinario, un 15% más ácido y el peso del riñón aumentó un 22%.

A la luz de los resultados de este trabajo, su autora principal, Virginia Aparicio García-Molina, afirma que es necesario "realizar un control exhaustivo" de aquellas personas que se someten a una dieta hiperproteica, como es el caso de la dieta propuesta por Pierre Dukan, "ya que los efectos adversos que pueden tener sobre su salud a largo plazo son importantes". Asimismo, la investigadora advierte que los efectos negativos  dependen también de la presencia de otros nutrientes en la dieta.