En 1860 se descubre en España un supuesto "contubernio protestante-socialista". Manuel Matamoros García, natural de Lepe (Huelva), ingresa en la cárcel de Barcelona acusado de intentar "variar en nuestra querida patria la religión católica, sustituyéndola con la que profesan los protestantes". La acusación resulta patética aplicada a un joven de 26 años cuya biografía  —hoy recogida por la Real Academia de la Historia — lo presenta como "propagandista protestante, principal inspirador de la llamada Segunda Reforma en España". Procedía, además, de una "familia de hidalgo linaje y parca fortuna", expresión ideal para asociarlo al castizo quijotismo nacional.

Los hechos. En 1858, perseguido por sus convicciones democráticas y republicanas, Matamoros se refugia en Gibraltar, donde contacta con Francisco de Paula Ruet, deportado por propaganda protestante. De vuelta a Málaga en 1859, funda iglesias evangélicas y se integra en el núcleo protestante sevillano, dirigido por un profesor de idiomas y un peluquero. Mantiene correspondencia con un ingeniero británico y un judío holandés convertido: cartas que serán interceptadas por la policía en casa del sombrerero José Alhama, presidente del consistorio protestante local. El hallazgo sirve para lanzar una redada en Andalucía y Cataluña. Matamoros es detenido en Barcelona el 9 de octubre de 1860 y trasladado a Granada, donde ingresa en prisión el 1 de enero de 1861. Un levantamiento campesino en Loja es aprovechado para "probar" el fantasmagórico contubernio. Aunque un segundo juicio por sedición se archiva tras demostrarse la falsificación de pruebas, después de más de dos años de prisión preventiva Matamoros y Alhama son condenados en octubre de 1862 a ocho y nueve años de cárcel por apología de una religión distinta a la del Estado.

El fiscal había invocado "la unidad religiosa de la nación" y la "gloria inmaculada de nuestros pendones" para sostener que los protestantes pretendían destruir el orden social: un delito de lesa patria envuelto en un discurso jurídico más propio del siglo XVI inquisitorial que del siglo XIX liberal. El abogado de Matamoros, por su parte, replicó que el honor nacional estaba en juego y que Europa observaba horrorizada "el triste espectáculo de afligir con duros castigos a honrados ciudadanos por el solo crimen de profesar una religión que no sea la del Estado". Tras denunciar falsificaciones, abusos y vejaciones procesales —una cadena de atropellos judiciales indigna de un país civilizado—, el abogado recuerda que "en España no estamos, dígase lo que se quiera, en los tiempos de Torquemada":

Y no lo estamos, porque ni la arbitrariedad puede convertirse en ley, ni el ominoso tribunal del Santo Oficio está llamado a conocer de los delitos contra la religión. Hoy, si bien estos delitos existen, se hallan perfectamente determinados en un Código, al cual deben necesariamente acomodarse en sus decisiones los jueces y magistrados civiles encargados de la alta misión de administrar justicia. No nos toca a nosotros traer al debate la mayor o menor conveniencia en este punto de nuestra actual legislación; pero por más que tengamos que aceptarla tal cual ella es, nos consideramos, sin embargo, con facultades bastantes para decir que ni en su letra ni en su espíritu, se autorizan persecuciones por el estilo de las de aquellos aciagos tiempos, y que sólo violentándosela lastimosamente es como ha podido hacérsela servir para justificar las monstruosas tropelías de que nos da testimonio esta inolvidable causa.

¿En qué consistían, entonces, los delitos contra la religión en esa España que —según afirmaba el Ministerio Público— "no persigue a nadie por sus creencias religiosas ni por haberlas manifestado"?  Las creencias eran libres en un país cuya ley fundamental establecía que "la única religión del Estado es la católica, apostólica, romana". Sin embargo, el Código Penal castigaba “al que intentase abolirla o variarla” (art. 128) y "al que apostare públicamente de ella" (art. 136). Y he aquí que, en el curso del proceso, la fiscalía añadió un nuevo delito: la apostasía. El abogado explica:

El que tanto empeño tiene en que no se censure nada; el que sale a la defensa de cuanto se ha hecho hasta aquí; el que todo lo ve razonable y conforme con la ley; ese mismo ministerio público, en fin, que franca y categóricamente ha dicho que en España a nadie se persiguió por sus creencias, aunque las manifieste y no sean ortodoxas, interesa, sin embargo, que se forme nueva causa a D. Manuel Matamoros por el delito de apostasía mediante a haber declarado, contestando a una de las preguntas, que el juez de primera instancia le dirigiese en su inquisitiva, ‘que su religión era la de Jesucristo y su regla de fe la palabra de Dios contenida en la Santa Biblia; que ni una palabra menos ni una palabra más formaba base de sus creencias, afirmándose en esta idea por las últimas palabras del Apocalipsis y las distintas recomendaciones sobre este particular de los mismos apóstoles, y que no pareciéndole que la Iglesia católica, apostólica, romana, seguía esta misma base, no estaba conforme con sus dogmas, ni tampoco la profesaba ni obedecía’. ¿Se podrá dar una inconsecuencia mayor?

Y remata:

D. Manuel Matamoros ha confesado que no es católico, apostólico, romano, y sí protestante: convenidos. ¿Pero por qué ha hecho tal confesión? Por llenar un deber, por cumplir con la obligación que todos tenemos y él especialmente había contraído de decir la verdad en lo que supiese o fuere preguntado. Si, pues, no podía ni debía dejar de decirla al responder a la pregunta que el juez tuvo por conveniente dirigirle sobre cuál fuese la religión que profesara; y si, por otra parte, según el caso 11. ° del art. 8. °, caso 11° del Código, está exento de responsabilidad, o, lo que es lo mismo, no delinque el que obra en cumplimiento de un deber, nada más extraño, nada más inconducente, nada más absurdo, que el pedir que, mediante esa manifestación, se le forme causa como apóstata. Fuera de que, ni es, ni puede ser verdadera apostasía, y verdadera apostasía pública la que tenga lugar declarando ante un juez, y declarando, no ya en cualquier negocio, sino en un juicio criminal durante el sumario en que todo es secreto.

Retomando su estrategia más eficaz ante el tribunal —la de defensor de la patria —, el abogado señalaba que los perseguidos, como Matamoros, al difundir el Evangelio, no dañaban a la sociedad, sino que buscaban moralizarla e instruirla. Por tanto, la única resolución razonable y justa era la absolución.

El tribunal de Granada ignoró la argumentación liberal y condenó a los acusados a prisión, inhabilitación perpetua y pago de costas.

La prensa internacional reaccionó con indignación:

Un Gobierno moderno y una legislación rancia; instituciones del siglo XIX y un código que huele a supersticiones medievales… Sería doloroso ver en la primera fila de las naciones a un poder que voluntariamente se rebaja al nivel de la última.

Un mes después, las penas fueron conmutadas por destierro. Matamoros murió en el exilio, en Lausana, en 1866, a los 32 años, víctima de la tisis contraída en prisión.